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Estudio comparativo de herramientas bioinformáticas para el estudio genómico de la tuberculosis bovina

Poster communication in VII VETINDOC - PhDay

October 7th, 2021

Lorente-Leal V., Farrell D., Romero B., Alvarez J., de Juan L. and Gordon S.

El uso de la secuencación masiva de genomas (SMG) para el estudio de la epidemiología y evolución de la tuberculosis bovina (bTB) ha aumentado considerablemente en los últimos años.
Aunque existen múltiples herramientas bioinformáticas para evaluar las diferencias genéticas entre aislados de Mycobacterium bovis, el principal agente etiológico de la bTB, no existe información acerca de su rendimiento. Con el fin de establecer un punto de partida para la estandarización de los métodos disponibles para el estudio genómico de la bTB en la UE, se ha comparado el rendimiento y las relaciones filogenéticas obtenidas de cuatro herramientas bioinformáticas generadas por distintos laboratorios: vSNP, SNiPgenie, BovTB y MTBseq. Para ello se han empleado datos de secuencia simulados a partir 47 aislados procedentes de un entorno de alta prevalencia de bTB en Irlanda.
El rendimiento y la concordancia entre las distintas herramientas fue alto, con valores de sensibilidad y precisión por encima del 99%, cuando las mismas regiones repetitivas del genoma (e.g. proteínas PE-PGRs) fueron enmascaradas. No se apreciaron variaciones significativas en las relaciones filogenéticas obtenidas con respecto a la simulación cuando los mismos filtros fueron empleados.
En conclusión, las cuatro herramientas disponibles son alternativas efectivas para el estudio de datos genómicos de M. bovis. Sin embargo la selección adecuada de parámetros y regiones a enmascarar es crítica para su correcto funcionamiento.




Participants:

Universidad ComplutenseServicio de Micobacterias (MYC). Centro de Vigilancia Sanitaria Veterinaria (VISAVET). Universidad Complutense (UCM).

Universidad ComplutenseDepartamento de Producción Animal. Facultad de Veterinaria. Universidad Complutense (UCM).

University College DublinUCD School of Agriculture, Food Science & Veterinary Medicine. University College Dublin (UCD).


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VII VETINDOC - PhDay


VII VETINDOC - PhDay
October 7th, 2021
Madrid
Spain

TITLE: Estudio comparativo de herramientas bioinformáticas para el estudio genómico de la tuberculosis bovina


TYPE: Poster communication


AUTHORS: Lorente-Leal V., Farrell D., Romero B., Alvarez J., de Juan L. and Gordon S.


VISAVET PARTICIPANTS


First
Victor Lorente Leal
3rd
Beatriz Romero Martínez
4th
Julio Álvarez Sánchez
5th
Lucía de Juan Ferré

DATE: October 7th, 2021


CITE THIS COMMUNICATION:

Lorente-Leal V., Farrell D., Romero B., Alvarez J., de Juan L. and Gordon S. Estudio comparativo de herramientas bioinformáticas para el estudio genómico de la tuberculosis bovina. VII VETINDOC - PhDay, Facultad de Veterinaria. Universidad Complutense, Madrid, Spain, October 7th, 2021. (Poster communication)


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