Applied and Environmental Microbiology publica este artículo de investigación

1 de febrero de 2009

Mycobacterium avium subespecie paratuberculosis es un patógeno animal importante que está ampliamente diseminado en el medioambiente y que también ha sido asociado con la enfermedad de Crohn en el hombre. En la actualidad se han reconocido tres genomotipos de Mycobacterium avium subespecie paratuberculosis, pero las diferencias genómicas presentes entre éstos no han sido completamente descritas. Para investigar estas posibles diferencias diseñamos y validamos un microarray con oligonucleótidos de 60 pb de longitud (denominado microarray MAPAC) que comprendía los genomas de Mycobacterium avium subespecie paratuberculosis (cepa K-10) y Mycobacterium avium subespecie hominissuis (cepa 104).
En un panel de cepas previamente caracterizadas de Mycobacterium avium subespecie paratuberculosis, el array MAPAC identificó un conjunto de fragmentos polimórficos largos (large sequence polymorphisms, LSPs), específicos para cada uno de los principales tipos de Mycobacterium avium subespecie paratuberculosis. Las cepas de Mycobacterium avium subespecie paratuberculosis del tipo II presentaron un complemento genómico menor que las del tipo I y III, los cuales presentaban un conjunto de regiones genómicas comunes con Mycobacterium avium subespecie hominissuis 104.
Con estos datos, se diseñaron PCRs dirigidas a genes comprendidos dentro de estos LSP para diferenciar los tres tipos de Mycobacterium avium subespecie paratuberculosis y para muestrear un conjunto de cepas de Mycobacterium avium subespecie paratuberculosis mayor (n=78).
El análisis de la presencia/ausencia del INDEL12 mostró la reducción en el complemento de genes de entrada a células mamíferas en las cepas de Mycobacterium avium subespecie paratuberculosis de tipo II, alterando considerablemente la codificación de una proteína inmunógena (MPT64), asociada con la persistencia intracelular y la formación de granulomas. El análisis de los datos de MAPAC también identificó variaciones en las señales de diferentes regiones genómicas, denominadas islas genómicas variables (vGIs), indicativas de procesos de duplicación/deleción. Las vGIs se caracterizaban por un bajo contenido en GC y presentaban secuencias de inserción, integrasas o secuencias repetitivas invertidas cortas en las regiones adyacentes. El análisis por PCR cuantitativa demostró que la variación en las señales encontradas en las vGIs podían estar asociadas con el crecimiento de la colonia y su morfología

Castellanos E., Aranaz A., Gould KA., Linedale R., Stevenson K., Alvarez J., Dominguez L., de Juan L., Hinds J. y Bull TJ.

Descripción de diferencias estables y variable en el genoma de Mycobacterium avium subespecies paratuberculosis mediante análisis por microarray

Descripción de diferencias estables y variable en el genoma de Mycobacterium avium subespecies paratuberculosis mediante análisis por microarray

	Servicio de Micobacterias (MYC). Centro de Vigilancia Sanitaria Veterinaria (VISAVET). Universidad Complutense (UCM).
	Departamento de Sanidad Animal. Facultad de Veterinaria. Universidad Complutense (UCM).
	Division of Cellular and Molecular Medicine. St George´s University of London (SGUL).
	Division of Control of Bacterial Diseases. Moredun Research Institute.