Comunicación presentada en Jornadas Vigilancia Sanitaria 2023: presente y futuro para 2030

6 de julio de 2023

Delgado-Blas JF., David S., Serna-Bernaldo C., Pulido-Vadillo M., Montero N., Fernandez-Favieres FJ., Aanensen D., Abadia Patiño L. y Gonzalez-Zorn B.

Los plásmidos IncL constituyen uno de los subtipos de plásmidos más relevantes clínicamente debido a su papel en la dinámica de la resistencia a los antibióticos. Hasta la fecha se han descrito cinco linajes IncL (L1-L5). L4 es el linaje más frecuente, formado por los populares plásmidos del tipo pOXA-48, seguido por el desconocido linaje L3. Por lo tanto, el objetivo de este trabajo fue determinar las características genómicas y epidemiológicas de los linajes IncL y su asociación con los genes de resistencia, con especial énfasis en el linaje L3.
En aislados ambientales del género Klebsiella recolectados en Sudamérica se identificó un plásmido conjugativo L3 responsable de la diseminación del nuevo gen de metiltransferasa del ARNr 16S, rmtE4, el cual confiere resistencia a los aminoglucósidos más usados clínicamente, incluyendo el antibiótico de último recurso plazomicina. Se creó una colección genómica de plásmidos IncL cerrados (n=169) a partir de secuencias del NCBI. Los plásmidos se clasificaron en linajes específicos con una base de datos de replicones de tipo IncL. La colección se examinó en busca de genes de resistencia utilizando la base de datos ResFinder. Los análisis del pangenoma se realizaron con Roary, extrayendo las variaciones nucleotídicas de los genes core y generando un árbol filogenético con RAxML. Los plásmidos pertenecientes al linaje L3 fueron alineados y comparados para evaluar su organización y contenido genético.
El análisis del pangenoma reveló la magnitud y diversidad del contenido genético de los plásmidos IncL (36 genes core/494 genes totales, 7,3 % genoma core). Esta diversidad se debió principalmente al linaje L4 (38 genes core /430 genes totales, 8,8 % genoma core), mientras que el genoma core del linaje L3 fue mucho mayor (78/133, 58,65 %). Sin embargo, este contraste podría deberse a la enorme sobrerrepresentación de plásmidos pOXA-48. Los genes de resistencia estaban entre los responsables de esta variabilidad genética en los plásmidos L4 (26 genes), pero la mayoría de ellos solo portaban el gen blaOXA-48 (79,3%). Por otro lado, el linaje L3 mostró una menor diversidad de genes de resistencia (15), debido a su limitada representación, pero todos portaban tres o más genes de resistencia. En contraste con el linaje L4, los plásmidos L3 estaban altamente conservados, con solo tres variaciones nucleotídicas en el genoma core, diferenciando dos subtipos. Un subtipo procedente de aislados de Enterobacteriaceae de un hospital de EE. UU. y el subtipo de Sudamérica portador del gen rmtE4. En cuanto al genoma accesorio, todos los L3 compartían algunos elementos genéticos móviles y genes de resistencia, como el módulo blaTEM-1B-IS26. Sin embargo, algunos módulos genéticos eran específicos de cada subtipo, incluyendo blaKPC-2-ISKpn en aislamientos hospitalarios de EE. UU. y el módulo rmtE4-ISVsa3 en plásmidos de Sudamérica.
El vínculo filogenético, el contenido genético y la distribución geográfica de los subtipos de L3 sugieren un ancestro plasmídico común, el cual sufrió una diversificación paralela posterior. La integración y fijación del gen rmtE4 en plásmidos L3 asociados a hospitales conlleva un alto riesgo de diseminación de este gen a otras especies, nichos ecológicos y regiones. Medidas de vigilancia y control son necesarias para ralentizar la diseminación de este linaje plasmídico con una alta capacidad de adaptación mediante la adquisición de múltiples genes de resistencia

	Servicio de Zoonosis de Transmisión Alimentaria y Resistencia a Antimicrobianos (ZTA). Centro de Vigilancia Sanitaria Veterinaria (VISAVET). Universidad Complutense (UCM).
	Departamento de Sanidad Animal. Facultad de Veterinaria. Universidad Complutense (UCM).
	Li Ka Shing Centre for Health Information and Discovery. Nuffield Department of Medicine. University of Oxford.
	Instituto de Investigaciones en Biomedicina y Ciencias Aplicadas. Universidad de Oriente (UDO).

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