La secuenciación masiva de E. coli ambientales demuestra el impacto de la actividad humana en la diversidad bacteriana y la selección de determinantes de resistencia
Comunicación oral en Reunión del Grupo de Microbiología Molecular de la SEM
6 de septiembre de 2016
Martinez-Ovejero C., Delgado-Blas JF., Calero Caceres W., Carrilero L., Thomas-Lopez D., Muniesa M., de la Cruz F. y Gonzalez-Zorn B.
El medio ambiente desempeña un papel fundamental en la diseminación de la resistencia a antibióticos, ya que es un reservorio natural de resistencias antibióticas que se está viendo afectado por la actividad antropogénica. El objetivo de este estudio fue elucidar el efecto de la actividad humana en la ecología y evolución de los genes de resistencia y sus plataformas genéticas, comparando mediante secuenciación masiva bacterias obtenidas de ríos y de aguas residuales. Para ello, se tomaron muestras de agua y sedimentos de dos ríos (Llobregat y Cardener) y muestras de agua sin depurar de dos plantas de tratamiento de aguas residuales del área de Barcelona (Gavá y Prat). Los aislados se seleccionaron por su capacidad de crecer en agar MacConkey suplementado con aminoglucósidos. Las bacterias se identificaron por MALDI-TOF. Determinamos la susceptibilidad antimicrobiana por medio de microdilución en placa. La presencia de metilasas se analizó mediante PCR. Estudiamos la relación clonal entre los aislados mediante PFGE. Las bacterias seleccionadas se secuenciaron utilizando tecnología Illumina (MiSeq). Se obtuvieron 169 aislados, siendo E. coli la especie bacteriana predominante. Todos los aislados portaban una metilasa: armA fue la única metilasa encontrada en ríos (103 positivos), mientras que en las aguas residuales se identificó principalmente rmtB (56 positivos), seguido de lejos por armA (10 positivos). Los aislados de las aguas residuales mostraron mayor nivel de resistencia y a más antibióticos que los de los ríos. Con los resultados de los pulsotipos y los antibiotipos de los E. coli, se seleccionaron 47 cepas para su secuenciación masiva. El análisis de la secuenciación reveló la presencia de dos secuenciotipos predominantes relacionados con las aguas residuales obtenidas de ambas plantas de tratamiento, los cuales también fueron encontrados minoritariamente en los ríos, donde se observó una mayor heterogeneidad en los secuenciotipos. Por el momento, la secuenciación masiva ha revelado que los E. coli relacionados con la actividad humana presentan una menor diversidad y unos genes de resistencia concretos como rmtB. Con ello podemos concluir que la actividad antropogénica modifica y selecciona el medio ambiente favoreciendo la diseminación de clones exitosos en la población. Este trabajo está financiado por la Comisión Europea a través del proyecto EFFORT (613754-FPT7).
Servicio de Zoonosis de Transmisión Alimentaria y Resistencia a Antimicrobianos (ZTA). Centro de Vigilancia Sanitaria Veterinaria (VISAVET). Universidad Complutense (UCM). | |
Departamento de Sanidad Animal. Facultad de Veterinaria. Universidad Complutense (UCM). | |
Departamento de Microbiología. Facultad de Biología. Universitat de Barcelona (UB). | |
Instituto de Biomedicina y Biotecnología de Cantabria. Universidad de Cantabria (UC). | |
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