Tesis Doctoral que será defendida por Clara Samper Cativiela en el Centro VISAVET de la Universidad Complutense de Madrid

20 de junio de 2025

Los serovares de Salmonella no tifoidea (NTS) causan salmonelosis, una zoonosis transmitida por alimentos con gran relevancia mundial, caracterizada sobre todo por manifestaciones gastrointestinales. Dada su importancia, desde mediados del siglo XX se han aplicado medidas de vigilancia y control a lo largo de la cadena alimentaria con el objetivo de reducir su impacto sanitario y económico. Sin embargo, la incidencia humana y la prevalencia de la infección por NTS en reservorios animales siguen siendo elevadas. Esto se debe en parte a la complejidad de la epidemiología de los distintos serovares de NTS, en la que intervienen múltiples especies animales como portadores asintomáticos. A esto se suma la creciente emergencia de cepas resistentes a antimicrobianos, que dificulta su control y limita la eficacia de los tratamientos disponibles. Además, factores antropogénicos y medioambientales contribuyen a la dispersión del microorganismo y deben tenerse en cuenta para maximizar el éxito de las medidas de control.

Los serovares de Salmonella no tifoidea (NTS) causan salmonelosis, una zoonosis transmitida por alimentos con gran relevancia mundial, caracterizada sobre todo por manifestaciones gastrointestinales. Dada su importancia, desde mediados del siglo XX se han aplicado medidas de vigilancia y control a lo largo de la cadena alimentaria con el objetivo de reducir su impacto sanitario y económico. Sin embargo, la incidencia humana y la prevalencia de la infección por NTS en reservorios animales siguen siendo elevadas. Esto se debe en parte a la complejidad de la epidemiología de los distintos serovares de NTS, en la que intervienen múltiples especies animales como portadores asintomáticos. A esto se suma la creciente emergencia de cepas resistentes a antimicrobianos, que dificulta su control y limita la eficacia de los tratamientos disponibles. Además, factores antropogénicos y medioambientales contribuyen a la dispersión del microorganismo y deben tenerse en cuenta para maximizar el éxito de las medidas de control.

A pesar de la ubicuidad de NTS, el consumo de productos de origen avícola —especialmente huevos–– es la principal fuente de infección humana. Por ello, desde 2008 se han implementado PNCs en producciones avícolas en España y otros países de la Unión Europea, generando datos valiosos sobre la prevalencia de NTS y, en particular, de los serovares objeto de control (Enteritidis, Typhimurium y 4,[5],12:-.). En el Estudio I se analizó la asociación entre factores a nivel de granja, manada y muestreo, y la probabilidad de detectar NTS en granjas de ponedoras mediante un modelo Bayesiano jerárquico usando datos de los PNCs entre 2015 y 2020. Se concluyó que la ubicación geográfica de las granjas (medida a nivel de Comunidad Autónoma) se asociaba con variaciones notables en las odds de detección de NTS, lo que sugiere la influencia de factores ambientales y de manejo a nivel regional. Además, el alojamiento en jaulas se relacionó con una mayor probabilidad de detección respecto a sistemas alternativos, probablemente por la mayor densidad animal y la dificultad para su limpieza. También se detectó un efecto estacional, con mayor probabilidad de detección en otoño/invierno. Asimismo, el tipo de muestreo fue importante: aquellos realizados por las autoridades competentes mostraron entre 5,63 y 7,75 veces más probabilidad de detección que los efectuados por la industria. Aunque el estudio es observacional y podría haber sesgos no controlados (como la dependencia espacial y temporal entre los resultados de los muestreos), estos resultados subrayan la necesidad de revisar continuamente las estrategias de vigilancia y control. Esto cobra relevancia en el contexto de la emergencia de clones de NTS de importancia en salud pública, como S. Kentucky ST198 y S. Enteritidis ST11.

En los Estudios II y III se aplicó WGS a aislados representativos de estos dos serovares, caracterizando sus genomas y perfiles de resistencia antimicrobiana. Recientemente se ha descrito la aparición de linajes multirresistentes (MDR) del serovar Kentucky, ampliamente asociado a la producción avícola global, pertenecientes al ST198. Por ello, en el Estudio II se analizaron 66 aislados de S. Kentucky obtenidos a través de los PNCs entre 2011 y 2017 para determinar si el aumento de resistencias observado en aves de corral en este serovar se debía al linaje MDR ST198, así como para caracterizar su distribución y perfiles de resistencia. Los resultados genómicos confirmaron que todos los aislados pertenecían al clon ST198, agrupándose en tres clados principales con diferencias en su distribución espaciotemporal. Las cepas analizadas presentaban un amplio rango de genes de resistencia, superando lo descrito en otras cepas de ST198 a nivel internacional, e incluyendo genes codificados en plásmidos IncHI2/IncI1. La detección reiterada de plásmidos similares a lo largo de varios años en granjas de ponedoras sugiere la persistencia de fuentes de infección y/o fallos en los protocolos de limpieza y desinfección. Estos hallazgos evidencian la amplia distribución del clon MDR ST198 en la producción avícola española y remarcan la necesidad de reforzar las estrategias de vigilancia y control para mitigar su impacto en la salud pública.

El serovar Enteritidis, históricamente uno de los principales responsables de brotes alimentarios asociados a productos avícolas, fue objeto del Estudio III. Se analizaron 298 aislados obtenidos entre 2002 y 2021 de casos clínicos, alimentos, animales y medio ambiente en España con el objetivo de caracterizar su genoma y establecer su relación según el origen. Se identificaron dos clados de ST11 con diferencias genómicas y fenotípicas: el Clado I, genéticamente más heterogéneo y mayormente pansusceptible, incluyó el 57% de los casos humanos y se asoció al “Clado Atlántico”, un linaje vinculado a la producción avícola moderna y ampliamente distribuido en Europa y Norteamérica; el Clado II, asociado al “Clado epidémico global”, estuvo conformado principalmente por aislados de origen animal, alimentario y ambiental (77,2%). Presentó además una mayor homogeneidad genómica y una mayor frecuencia de mutaciones en las regiones QRDR asociadas con resistencia a fluoroquinolonas, así como genes de resistencia a ?-lactámicos en plásmidos IncX1. Aunque la resistencia fue más frecuente en aislados animales, los fenotipos más preocupantes desde el punto de vista sanitario (ESBL y pAmpC) solo se encontraron en aislados humanos.

La aproximación transversal de esta tesis ha permitido, por un lado, identificar factores asociados con la detección de NTS en granjas de ponedoras, y por otro, clarificar la epidemiología de dos clones emergentes de NTS (S. Kentucky ST198 y S. Enteritidis ST11) en animales de abasto en España. Los resultados indican que es necesario evaluar y optimizar continuamente las estrategias de vigilancia y control, teniendo en cuenta factores del hospedador y del patógeno, para reducir la incidencia de NTS y mitigar el impacto de las resistencias antimicrobianas en la salud pública.