Poster presentado en VII VETINDOC - V PhDay Complutense

7 de octubre de 2021

Lorente-Leal V., Farrell D., Romero B., Alvarez J., de Juan L. y Gordon S.

El uso de la secuencación masiva de genomas (SMG) para el estudio de la epidemiología y evolución de la tuberculosis bovina (bTB) ha aumentado considerablemente en los últimos años.
Aunque existen múltiples herramientas bioinformáticas para evaluar las diferencias genéticas entre aislados de Mycobacterium bovis, el principal agente etiológico de la bTB, no existe información acerca de su rendimiento. Con el fin de establecer un punto de partida para la estandarización de los métodos disponibles para el estudio genómico de la bTB en la UE, se ha comparado el rendimiento y las relaciones filogenéticas obtenidas de cuatro herramientas bioinformáticas generadas por distintos laboratorios: vSNP, SNiPgenie, BovTB y MTBseq. Para ello se han empleado datos de secuencia simulados a partir 47 aislados procedentes de un entorno de alta prevalencia de bTB en Irlanda.
El rendimiento y la concordancia entre las distintas herramientas fue alto, con valores de sensibilidad y precisión por encima del 99%, cuando las mismas regiones repetitivas del genoma (e.g. proteínas PE-PGRs) fueron enmascaradas. No se apreciaron variaciones significativas en las relaciones filogenéticas obtenidas con respecto a la simulación cuando los mismos filtros fueron empleados.
En conclusión, las cuatro herramientas disponibles son alternativas efectivas para el estudio de datos genómicos de M. bovis. Sin embargo la selección adecuada de parámetros y regiones a enmascarar es crítica para su correcto funcionamiento.

	Servicio de Micobacterias (MYC). Centro de Vigilancia Sanitaria Veterinaria (VISAVET). Universidad Complutense (UCM).
	Departamento de Producción Animal. Facultad de Veterinaria. Universidad Complutense (UCM).
	UCD School of Agriculture, Food Science & Veterinary Medicine. University College Dublin (UCD).

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